Necesitaba el IIS para unas aplicaciones asp que iba a instalar en el servidor, pero estaba a punto de tirar la toalla ya que la configuración del servidor para que corriera PHP5 sobre el IIS 6 se me estaba haciendo imposible. Seguía todos los pasos indicados en todos los sitios de Internet, pero por alguna razón desconocida a mí no me funcionaba. Al intentar ver las páginas en el browser siempre me aparecía: error 500.
Luego de buscar en varios lados, encontré por fin la respuesta: Mi IIS 6 es una aplicación 64 bit y las dll del php son 32 bit. Hay que correr lo siguiente en la línea de comandos para permitir la corrida de 32-bit:
cscript %SYSTEMDRIVE%\inetpub\adminscripts\adsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 1
Esto habilitará ambos modos y el PHP funcionará perfectamente.
Artículo completo en: http://www.peterguy.com/php/Install_IIS6.html